为在广东省发展生物医学工程这一新学科，团结有志推动该学科发展的科技工作者，推动广东省医疗器械产业发展，1980年10月，由吉茂镇（省科委综合计划处）、郑振声（中山医学大学心血管病研究所）、温宗孔、陈惠琳（广东省医疗器械研究所）为发起人，由广东省医疗器械研究所、中山医科大学、暨南大学、华南工学院、广州医学院、省人民医院等单位倡仪，在广州正式成立广东省生物医学工程学会，会员44人来自我省髙校、研究单位、医院。学会挂靠广东省医疗器械研究所，办公地点在广东省医疗器械研究所。

2004年12月，广东省生物医学工程学会开始改革，取消挂靠单位，成为具有独立法人、独立办公、自主活动、自我完善的社团。2005年2月，学会办公地址由广东省医疗器械研究所变更为广州五山华南理工大学10号楼2楼。2009年列为广东省科协科技类社会团体创新发展第二批试点单位，获2012-2013年度和2014-2015年度广东省科协“省级学会先进集体”称号。2019年成立党支部，同年获广东省科协科技社团综合能力评估四星级学会称号。2021年获广东省科协科技社团综合能力评估五星级学会称号。

1980年10月广东省生物医学工程学会下设专业学组，2001年10月将专业学组改名为专业委员会，2016年5月将专业委员会改名为分会。

广东省生物医学工程学会分别于1980年、1984年、1987年、1992年、1997年、2001年、2004年、2008年、2012年、2016年、2020年分别举行第一届至第十一届会员代表大会，罗潜、彭文伟、邹翰、李作彬、岑人经、黄子通、王一飞先后任学会理事长。

至2021年11月，广东省生物医学工程学会有会员3707名，33个分会，13个单位会员。